Ersterwähnung des Ortes Hildebrandshausen im Jahre 1318 nach dem Einkünfteverzeichnis von Kurmainz. Der Kurfürst von Mainz belehnt 1354 die Familie von Keudel mit dem Gut Hildebrandshausen und der Untergerichtsbarkeit. Damit verbunden war auch das Recht der Herrschaft, den Dorfschulzen und die Gerichtsschöppen zu benennen. Bart von Keudel erhält 1586 die peinliche Gerichtsbarkeit zur Hälfte mit Sitz in Hildebrandshausen. 1792 verstarb der letzte Herr von Keudel, Gut und Gericht fielen als erledigtes Lehen an Mainz zurück.
1802 wird das Eichsfeld preußisch und 1808 erfolgt die Inbesitznahme durch die Franzosen. Hildebrandshausen gehörte zu Westphalen unter König Jerome Napoleon. 1839 beabsichtigt die Gemeinde das Rittergut Keudelstein für 40.000 Thaler zu kaufen. Das Gut wird aber nach Geismar verkauft. Am 16. Dezember 1862 zählt Hildebrandshausen 849 Seelen. Die neu erbaute Kirche wurde am 29. Juni 1869 durch den Herrn Bischof geweiht.
Während des ersten Weltkrieges von 1914 - 1918 verloren viele Hildebrandshäuser ihr Leben an der Front oder wurden vermißt, deren Namen befinden sich auf der Gedenktafel in der Kirche. Die Volks-, Berufs- und Betriebszählung 1925 ergibt 129 Wohnungen, 146 Haushaltungen und 606 Personen.
Der zweite Weltkrieg von 1939 - 1945 hat sechs lange Jahre große Entbehrungen und unsagbares Leid unseren Einwohnern gebracht. 52 Männer kehrten nicht in ihre Heimat zurück. Am 04. April 1945 wird Hildebrandshausen von den Alliierten ohne Kampf eingenommen.
1948 zählte Hildebrandshausen 671 Einwohner mit 144 Evakuierten. Die erste Zwangsaussiedlung war am 06.06.1952 und betraf 88 Personen. Im gleichen Jahr wird unsere Gemeinde an den Kreis Mühlhausen angegliedert. Vorher gehörte Hildebrandshausen für 12 Wochen zum Kreis Worbis. Mitte Juli 1960 wird die Meldepflicht bei Arbeiten im 500-Meter-Grenzgebiet eingeführt. 1961 folgte unter dem Namen 'Kornblume' die zweite Zwangsaussiedelung.
03. Oktober 1990 der Tag der Wiedervereinigung und der Abbau von ca. 6km Streckmetallplatten des Grenzzaunes. 1992 erfolgte die Grundsteinlegung für das neue Feuerwehrgerätehaus und die feierliche Einweihung am 05.11.1994 begangen. Begehung des 675jährigen Jubileums mit einer Festwoche in der Zeit vom 27.08. - 05.09.1993. Einweihung des Bürgerhauses am 30.09.2007 im Rahmen eines Gemeindefestes. Am 1. Dezember 2011 schloss sich die Gemeinde Hildebrandshausen mit anderen Gemeinden zur neuen Gemeinde Südeichsfeld zusammen.
